Disciplina Bioinformática e análise de dados metagenômicos – 2026/2

17/07/2026 00:35

Bioinformática e análise de dados metagenômicos – 3 créditos

PPG Biotecnologia e Biociências – UFSC | 2026.2

Prof. Dr. Rubens Tadeu Delgado Duarte (coordenador)

Dra. Lívia Budziarek Eslabão (pós-doutoranda, convidada)

No semestre 2026.2, o PPG em Biotecnologia e Biociências da UFSC oferece a disciplina Bioinformática II: Análise de Dados Metagenômicos, voltada à análise e interpretação de dados gerados por tecnologias de sequenciamento em larga escala. A disciplina aborda estratégias para análise estrutural e funcional de genomas e metagenomas, integração de dados ômicos e aplicações em biologia de sistemas, culminando no desenvolvimento de um projeto de análise de dados biológicos.

📅 Matrículas
• Estudantes regulares: 16 a 20 de julho
• Discentes de outros PPGs da UFSC: a partir de 22 de julho
• Disciplina isolada: 29 a 31 de julho

Mais informações: Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia e Biociências

Curso – sequenciamento por Nanopore utilizando a plataforma MinION

11/07/2026 00:18

Entre os dias 8 e 10 de julho, o Laboratório de Ecologia Molecular e Extremófilos (LEMEx) promoveu um curso de capacitação em sequenciamento por Nanopore utilizando a plataforma MinION, ministrado pelo Dr. Fernando Lucas Melo, pesquisador da Embrapa.

Durante os três dias de atividades, os participantes tiveram a oportunidade de aprofundar conhecimentos teóricos e práticos sobre a tecnologia de sequenciamento de terceira geração, abordando desde o preparo de amostras e bibliotecas até a operação do equipamento, análise de dados e aplicações em diferentes áreas da pesquisa científica.

 

Ato Parlamentar Solene – 50 anos do Centro de Ciências Biológicas da Universidade Federal de Santa Catarina

12/06/2026 23:22

A Direção do Centro de Ciências Biológicas da Universidade Federal de Santa Catarina (CCB/UFSC) convida a comunidade  acadêmica e a sociedade catarinense para participarem do Ato Parlamentar Solene em comemoração aos 50 anos do CCB/UFSC, promovido pela Assembleia Legislativa de Santa Catarina (ALESC).

O evento presta homenagem à trajetória do CCB/UFSC, reconhecido nacionalmente pela excelência em ensino, pesquisa, extensão, inovação e pela relevante contribuição científica nas áreas de biodiversidade, conservação ambiental, biotecnologia e ciências biomédicas.

Ao longo de cinco décadas, o CCB consolidou-se como um dos mais importantes centros de produção de conhecimento científico do país, formando milhares de profissionais e contribuindo diretamente para o desenvolvimento científico, tecnológico e sustentável de Santa Catarina e do Brasil.
Durante a solenidade, serão homenageados o Centro de Ciências Biológicas, ex-diretores, departamentos acadêmicos, cursos de graduação e programas de pós-graduação que marcaram a história institucional do CCB e da UFSC.

Sua presença será uma honra nesta celebração da ciência, da universidade pública e da trajetória histórica do Centro de Ciências Biológicas da UFSC.

📍 Ato Parlamentar Solene – 50 anos do CCB/UFSC
📅 18 de junho de 2026 (quinta-feira)
🕖 19h
📌 Auditório Antonieta de Barros – Assembleia Legislativa de Santa Catarina (ALESC)
Palácio Barriga-Verde – Rua Doutor Jorge Luz Fontes, 310 – Florianópolis/SC
📺 Transmissão ao vivo: TVAL e YouTube da AssembleiaSC

33º Congresso Brasileiro de Microbiologia (CBM) – Aracaju, Sergipe

29/10/2025 14:12

O 33º Congresso Brasileiro de Microbiologia (CBM), um dos mais importantes eventos científicos nacionais da área, foi realizado de 25 a 28 de outubro de 2025, em Aracaju, Sergipe. Promovido a cada dois anos, o congresso reuniu a comunidade científica, estudantes de graduação e pós-graduação, representantes da sociedade civil e do governo, empresas do setor de microbiologia e o público em geral.

Com o tema central “A Microbiologia no Contexto das Mudanças Climáticas e da Inteligência Artificial”, o evento promoveu debates sobre dois dos principais desafios contemporâneos. Em razão de sua elevada biodiversidade, o Brasil ocupa uma posição estratégica na compreensão e mitigação das causas e dos impactos das mudanças climáticas. Além disso, foram discutidas as diversas aplicações da inteligência artificial na microbiologia, destacando seu potencial para impulsionar a pesquisa básica e aplicada, o ensino e o desenvolvimento de soluções inovadoras.

O 33º CBM representou um importante espaço para a troca de conhecimentos, o fortalecimento de colaborações científicas e o avanço da microbiologia no Brasil.

Nossa doutoranda Camila Kinasz expôs o resumo “METAGENOMIC RECONSTRUCTION OF MICROBIAL GENOMES FROM VOLCANIC TEPHRA ENTRAPPED IN COLLINS GLACIER, ANTARCTICA”. O estudo destacou a aplicação de abordagens metagenômicas para investigar a diversidade microbiana e reconstruir genomas microbianos a partir de tefra vulcânica aprisionada no gelo da Geleira Collins, na Antártica, contribuindo para uma melhor compreensão da adaptação e da evolução dos microrganismos em ambientes extremos.

Durante o congresso, foram apresentadas palestras muito interessantes, especialmente na área ambiental. Dentre elas, destacamos: ‘A vida na escuridão: buscando extremófilos em subsuperfícies terrestres e marinhas do Brasil como novos modelos para evolução e astrobiologia’, da professora Dra. Amanda Bendia, da USP. Além disso, parabenizamos o trabalho de Ana Carolina de Araújo Butarelli, da equipe da professora Vivian Helena Pellizari. ‘Unveiling the Role of Archaea in the Rare Biosphere: Potential Keystone Taxa in Ecosystem Dynamics in Lençóis Maranhenses National Park’ foi o vencedor da categoria ambiental.

 

Além do Congresso, aproveitamos para conhecer a capital do Sergipe, Aracaju. A capital sergipana fundada em 1855 com um planejamento urbano singular, destaca-se pela harmoniosa combinação entre modernidade e rica herança cultural. Banhada pelo Oceano Atlântico e pelos rios Sergipe, Poxim e Vaza Barris, a cidade oferece belezas naturais deslumbrantes, como a icônica Orla da Atalaia e seus diversos parques urbanos, além de pontos históricos como a Colina de Santo Antônio e os tradicionais mercados centrais, que juntos compõem um cenário vibrante e acolhedor de história, lazer e gastronomia.

 

Exposição “Culturas e Microcosmos: do laboratório à sala de aula”

19/09/2024 00:45

A Biblioteca Central da UFSC recebe de 18 a 27/09/2024, no térreo (Galeria Expositiva Hall Principal) a exposição “Culturas e Microcosmos: do laboratório à sala de aula – uma exposição de Placas de Petri“. produzida pelo Laboratório de Ecologia Molecular de Extremófilos (LEMEx) da UFSC.

O Laboratório de Ecologia Molecular de Extremófilos (LEMEx), coordenado pelo Prof. Dr. Rubens Tadeu Delgado Duarte, localizado no CCB/UFSC, Bloco E, 7º andar, sala 711.

O laboratório realiza pesquisas nas áreas de ecologia microbiana, biotecnologia e astrobiologia, com ênfase no estudo de microrganismos que habitam ambientes extremos. A metodologia empregada no LEMEx abrange o uso de marcadores moleculares e análises bioinformáticas com dados ômicos, incluindo genômica, metagenômica e metatranscriptômica.

Além disso, o laboratório utiliza técnicas tanto tradicionais quanto modernas de cultivo microbiano para a caracterização desses microrganismos extremófilos. Muitos microrganismos podem ser cultivados em laboratório. Além da água, os meios de cultivo utilizados para esse propósito devem conter nutrientes essenciais para o crescimento dos microrganismos, como uma fonte de energia (tipicamente açúcares) e fontes utilizáveis para biossíntese e metabolismo (especialmente nitrogênio, enxofre e fósforo). Os meios sólidos permitem o crescimento e a isolação de colônias microbianas individuais em sua superfície. Cada colônia origina-se de uma única unidade formadora de colônia (UFC), geralmente uma única bactéria. Portanto, todas as células em uma colônia são assumidas como pertencentes à mesma cepa e espécie.

Esses meios de cultivo sólidos são preparados adicionando 1 a 2% de ágar, uma mistura de agarose e agaropectina de origem algal. Este meio é autoclavado, resfriado e, subsequentemente, vertido em placas de Petri, onde esfria e solidifica. A massa gelatinosa fornece água e nutrientes aos microrganismos que são inoculados na superfície do ágar.

Realização: BU/UFSC Exposições

Mais informações: lemex.ufsc.br

Tags: Exposições

Link original: Biblioteca Universitária

Pesquisa da UFSC investiga como as bactérias da Antártida podem ajudar e entender mudanças climáticas

01/12/2021 00:42

Alanna e professor Rubens estudam material coletado na Antártida

Os milhares de microorganismos que habitam o mundo, a maior parte deles desconhecidos da ciência, também podem trazer respostas sobre um dos fatores mais preocupantes da modernidade: as mudanças climáticas. Uma série de pesquisas da Universidade Federal de Santa Catarina (UFSC), sob coordenação do professor Rubens Tadeu Delgado Duarte, do Departamento de Microbiologia, Imunologia e Parasitologia, investiga como bactérias da Antártida podem trazer respostas sobre o tema e também seu potencial em inovações da biotecnologia.

Uma dessas pesquisas vem sendo desenvolvida pela estudante de iniciação científica Alanna Maylle Cararo Luiz em seu trabalho de conclusão de curso e foi recentemente apresentada no evento da Sociedade Brasileira de Microbiologia. O estudo Estratégias de crescimento de microrganismos de solos de recuo de geleira da Antártica em termos de seleção r-k trabalha com material coletado em uma expedição pelo continente em 2017, parte do projeto Microsfera – A Vida microbiana na Criosfera Antártica: mudanças climáticas, e bioprospecção.

As pesquisas ocorrem no Laboratório de Ecologia Molecular e Extremófilos (LEMEx). O professor explica que a ecologia molecular é uma uma área da da biologia em que se utiliza moléculas para estudar a ecologia dos seres vivos, e os extremófilos são justamente aqueles organismos que conseguem sobreviver em condições extremas – tal como ocorre no ainda desconhecido continente mais frio do planeta. No LEMEx, a proposta é utilizar moléculas das bactérias para entendê-las e desvendar propriedades e funcionalidades desconhecidas. “Tem milhares, dezenas de milhares de espécies de bactérias e um único grama de solo. Então, uma colher de chá de solo tem milhões de indivíduos a serem estudados”, explica.

O continente antártico também é foco dos interesses porque o eixo central das pesquisas está ligado à ideia de compreender as mudanças climáticas. Cientistas do mundo todo investigam esse ponto do planeta por conta do derretimento das geleiras, que ocasiona aumento no nível das águas e produz um verdadeiro efeito cascata na biodiversidade. “Nós queremos utilizar o conhecimento sobre essas bactérias para determinar, por exemplo, se elas podem indicar uma mudança climática mais rápida ou uma mudança climática mais lenta, ou seja, a gente pode utilizá-las como uma forma de monitoramento de mudanças climáticas, como termômetros biológicos”.

Duarte explica que diferentes seres vivos podem indicar essas variações. Os pinguins, por exemplo, são muito utilizados pela ciência porque se aproveitam do derretimento dos solos para colonizarem o ambiente. Assim, o aumento das “pinguineiras” é uma amostra efetiva do aquecimento. O que ocorre é que este é um processo lento, que depende das características reprodutivas dos animais. As bactérias, ao contrário, podem trazer essas respostas de forma mais ágil e também mais efetiva.

Collins e Baranowski

As pesquisas da UFSC são realizadas a partir da coleta de solo e de gelo de duas geleiras na Antártida: a Collins e a Baranowski. Segundo o professor, isso ocorre porque, enquanto uma apresenta um processo de derretimento lento, a outra degela de forma muito rápida. “Os levantamentos indicam que a Baranowski recuou, em 43 anos, o que a Collins levou mais de mil anos para recuar”, comenta.

Com esse recuo, o solo volta a ficar exposto e as bactérias são despertadas. Esse processo fornece à ciência um gradiente espaço-temporal, já que se coletam amostragens logo em frente às geleiras, no solo que acabou de ficar exposto, e em regiões mais distantes, expostas há vinte, trinta ou quarenta anos. “Esse gradiente é importante porque é possível entender o que aconteceu com as populações de bactérias ao longo do tempo”, explica.

Ainda segundo o professor, é possível não só comparar o solo exposto mais e menos recentemente como comparar os solos de cada uma das geleiras – a de rápido e lento processo de degelo. “Quando comparamos a Collins com a Baranowski, por exemplo, podemos identificar quais microorganismos ocorrem no solo da geleira que derrete mais rápido. Essas bactérias podem servir como termômetro para nós”.

No caso da pesquisa de Alanna, a ideia é utilizar bactérias dessas amostras coletadas durante a expedição de 2017 para entender o papel do derretimento das geleiras na sucessão ecológica, o que contribui com o monitoramento dos efeitos das mudanças climáticas. Para ilustrar o que esse fenômeno representa, o professor utiliza um exemplo mais familiar para os brasileiros do que o derretimento das geleiras: as queimadas.

De acordo com Rubens, este processo impacta em toda a biodiversidade da região que está sendo investigada. “Vamos para uma floresta Mata Atlântica, aqui próximo a nós. Digamos que tenha uma queimada. Então, você tem a biodiversidade em volta, mas tem uma clareira sem planta nenhuma. Ao longo dos anos, a floresta vai ocupar aquele espaço novamente: novas sementes vão cair ali, animais vão começar a visitar. Ao longo do tempo, haverá um processo de sucessão ecológica”, explica. E existe um padrão para que isso ocorra: primeiro gramíneas, depois plantas arbustivas, pequenos arbustos, árvores de porte pequeno. Os animais também vão se guiando conforme esse padrão.

Na Antártida, o derretimento das geleiras também passa por esse processo, considerando, é claro, as particularidades da região. E é nesse ponto que a investigação da UFSC pode avançar: a geleira derreteu, o solo descongelou e ficou exposto ao oxigênio da atmosfera. Primeiro algumas bactérias começam a crescer, depois outras, sucessivamente. “As populações vão mudando”, reforça o professor. “Isso acontece com qualquer fator de impacto ambiental”. A sucessão ecológica vai refletir os processos de seleção natural de acordo com a disponibilidade de recursos e as estratégias de crescimento dos organismos.

Na pesquisa, o olhar do professor e da acadêmica está voltado para o crescimento dessas bactérias. Alguns desses microorganismos crescem rápido, levando em torno de 48 horas para a população ficar visível em meio à cultura. Já outros demoram muito mais tempo para crescer. Em solos mais jovens, ou seja, mais recentemente expostos ao fenômeno do degelo, é possível encontrar os organismos que crescem de forma mais acelerada. “Mas à medida que nos distanciamos da geleira, encontramos maior diversidade”, pontua. O fenômeno também é diferente na geleira Collins e na Baranowski.

Amostras de solo foram coletados a distâncias de 0, 50, 100, 200, 300 e 400 m à frente das duas geleiras da Antártica. A contagem de células viáveis ​​foi realizada em cada uma dessas amostras. As colônias foram contadas diariamente e classificadas de acordo com o seu tempo de crescimento – maior ou menor que 48 horas. A partir daí, o estudo envolveu compreender a estratégia de crescimento e a distância em que se encontravam da geleira.

O professor explica que, segundo modelos ecológicos, os organismos de crescimento rápido ocorrem logo no início da sucessão e são substituídos, com o passar do tempo, por organismos de crescimento mais lento. No caso dos solos da Antártica, se organismos de crescimento rápido forem encontrados longe da geleira, é um sinal de que um grande volume de gelo derreteu recentemente. A comparação desse fenômeno entre as duas geleiras, associada a dados climáticos da região, irá comprovar a hipótese do grupo de pesquisadores e poderá trazer uma nova ferramenta para estudos de mudanças climáticas em áreas polares.

Geralmente, estudos como estes requerem também o sequenciamento genético das bactérias selecionadas. Mas o custo alto do processo e os recursos cada vez mais escassos para o investimento em pesquisa podem impedir esse passo adiante.

Diversidade dos microrganismos sugere possíveis aplicações

Outra vertente que os materiais coletados na Antártida pela UFSC também pode originar é a investigação das possíveis aplicações biotecnológicas dos organismos presentes no solo e no gelo. Além da pesquisa de Alanna, pelo menos outros sete trabalhos do LEMEx utilizam as amostras do continente.

Segundo Rubens, um dos mecanismos de adaptação de microrganismos ao frio extremo é a produção de proteínas anticongelantes, ou seja, que interferem na formação do gelo e na sua recristalização. Isso confere resistência celular a baixas temperaturas e ao congelamento. “Uma aplicação possível é na saúde pública, nas vacinas de DNA”, explica. Espera-se que os resultados dos estudos demonstrem que as proteínas produzidas por bactérias da Antártida aumentem a estabilidade da vacina de adenovírus submetidas ao congelamento, o que poderia ser aplicável em produtos como os imunizantes do coronavírus.

Um dos estudos em execução nessa linha é o da doutoranda Joana Camila Lopes, que investiga a caracterização dessas proteínas buscando as aplicações biotecnológicas. A pesquisa ainda está em fase inicial, mas as expectativas são positivas, podendo também gerar propostas de aplicações na agricultura, como na proteção contra as geadas, por exemplo.

Todas essas pesquisas são realizadas com amostras coletadas em expedições científicas do Programa Antártico, cuja participação mais recente por parte do LEMEx ocorreu em 2017. As amostras de gelo e de solo ficam armazenadas no laboratório e servem a diferentes pesquisas, de diferentes níveis – da graduação ao doutorado. O material, preservado, também pode servir para estudos futuros.

Fotos e Texto: Amanda Miranda/Jornalista da Agecom/UFSC

Tags: AntártidaBactériasbiotecnologiaEcologia Molecularexpedição antártidaextremófilosLaboratório de Ecologia Molecular e Extremófilosmudanças climáticaspesquisa antártida

 

Link original: Notícias da UFSC

UFSC na Mídia: Bactérias da Antártica podem revelar evolução do aquecimento global

04/03/2017 12:58
 

Carolina e Giulia. (Foto: Renato Gamba Romano)

Carolina e Giulia. (Foto: Renato Gamba Romano)

RIO — Pesquisadores brasileiros coletaram 150 quilos de solo e gelo da Antártica, que podem trazer novas revelações sobre a vida de micro-organismos no continente gelado. O material também será usado para estudar o impacto das mudanças climáticas no ecossistema.

A coleta foi iniciada em janeiro e durou 24 dias. Agora, as amostras começarão a ser analisadas em laboratórios das instituições participantes do Projeto Microsfera. De acordo com os cientistas, a análise das bactérias é uma importante ferramenta para o estudo do aquecimento global. Estes micro-organismos respondem rapidamente a mudanças no clima e no meio ambiente, adaptando seu metabolismo para adequar-se a fatores como o frio e a escuridão no inverno. As transformações que se prolongam por muitos anos levam ao desaparecimento de algumas espécies.

— Os micro-organismos que vivem na Antártica estão sujeitos a diferentes pressões ambientais. Precisam, por exemplo, sobreviver em locais com poucos nutrientes, além do frio intenso, com períodos de congelamento e descongelamento — descreve Carolina Alves Fernandes, estudante de agronomia e pesquisadora da Universidade Federal de Santa Catarina (UFSC), uma das universidades vinculadas ao Projeto Microsfera. — A radiação solar também é um problema, já que ela afeta o DNA das células e isso interfere na capacidade de reprodução das bactérias. Mas talvez seu maior problema seja a escassez de água líquida, que é necessária para todos os seres vivos.

Coordenadora do projeto e professora do Instituto Oceanográfico da USP, Vivian Pellizari destaca que os cientistas ainda não conhecem o “elo mais antigo” — o ancestral que seria comum a todos os seres vivos. O contato com organismos primitivos, coletados nas amostras de gelo, é fundamental para aproximar os pesquisadores do início desta linha do tempo.

— A vida dos micro-organismos está ligada a processos químicos e à História do planeta — ressalta. — A atual diversidade das espécies tem um ancestral comum. Ao estudarmos regiões como a Antártica, temos acesso a amostras que não foram expostas a células recentes.

Uma pesquisa coordenada por Vivian concluiu que existe uma tendência de redução da diversidade de bactérias no solo antártico. Como a região mais afetada será aquela que estava coberta de gelo nos últimos 30 anos, resta saber se a diminuição do número de espécies se deve a mudanças climáticas ou se esta é uma tendência natural deste ecossistema.

— São duas frentes de trabalho: a descoberta da evolução destes micro-organismos e os impactos provocados pelas mudanças climáticas — explica Vivian. — Também podemos ver como as bactérias se adaptam a novas condições, inclusive a sua resistência à radiação ultravioleta.

Texto: Renato Grandelle
Foto: Divulgação/Carolina Fernandes
Fonte: O Globo

Tags: O GloboUFSCUFSC na mídia

Link original: Notícias da UFSC

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